Lorsque l’un des deux partenaires d’interaction est un peptide, l’anisotropie de fluorescence peut être utilisée pour développer un test d’interaction. Cette technique robuste est très efficace.

Principe de la polarisation de fluorescence.
Principe du test d’interaction en PF (Polarisation de Fluorescence). La liaison d’un peptide marqué par un fluorophore (ex. FITC, rhodamine…) à une protéine entraîne une diminution de la rotation du peptide. La polarisation est ainsi augmentée en cas d’excitation par une lumière polarisée.